九州地方の縄文遺跡から稲作の証拠が発見され始 め、今から約3000年前の縄文時代後期にはすでに大陸から稲作が伝わっていたと考えられている。イネが日本にもたらされた最も古い証拠は、縄文時代後期末で、福岡県・熊本県の遺跡の土壌から、この時期のものと推定されるプラントオパール(イネ科植物の葉身にある、ケイ酸を含む細胞)が検出されている。福岡県の板付遺跡や佐賀県唐津市の菜畑遺跡などから、炭化米や土器に付着したモミの
圧痕、水田跡、
石包丁?、
石斧?といった農具、用水路、田下駄等が発見されている。水流をせき止めて調整する柵も見つかっている。長崎県雲仙地方の山ノ寺遺跡、大分県の大石遺跡からは、イネの
圧痕がみられる土器が発見されている。