1956年?、
1957年?の
奈良国立文化財研究所?による発掘調査で、伽藍配置は
一塔三金堂? 式伽藍配置と判明した。
南大門?、中門、塔、中金堂、
講堂?と一直線上に並び、塔の東西に
金堂?を配置している。この形式は同時代の百済には見られず、
高句麗?時代の
清岸里廃寺?(平壌、創建478年)と同じである。すなわち高句麗の影響で建てられていることが分かる。
飛鳥寺の西門は正門の南門よりも大きく、壮大な門であることが発掘調査で判明している。
第3次調査で出土した埋納物はわが国初の寺院の塔の舎利荘厳具として貴重なものである。
硬玉?・
碧玉・
琥珀・水晶・銀・ガラスなどで作られた勾玉・管玉・水晶の切子玉・空玉・トンボ玉などの多数の玉類、金環、金銀の延板と小粒、金環、金銅製打出金具・
金銅鈴?・金銅製瓔珞、青銅製馬鈴、
挂甲?、蛇行状鉄器、刀子、馬鈴など1750点の遺物が出土した。
出土する瓦は軒丸瓦であり、蓮華文は蓮先端の切れ込みや蓮子の大きさが百済の扶余から出土する
蓮華文?に似ている。